Die Risiken sind nach einer Haartransplantation als gering einzustufen. Wie bei einer Schönheitsoperation immer möglich, aber sehr selten vorkommend, sind Infektionen und Entzündungen im Bereich der Entnahmestellen. Wundheilungsstörungen kommen nach einer Haartransplantation meist dann vor, wenn die PatientInnen rauchen und damit die Wundheilung verschlechtern können. Nekrosenbildung ist möglich.

In seltenen Fällen werden Haare und Gewebe nach einer Haartransplantation nicht angenommen und sterben ab. Ist das der Fall, so kann die überschließende Narbenbildung zu einer kosmetischen Beeinträchtigung führen, die vor der Haartransplantation nicht vorhanden war.

Bei jeder Haartransplantation werden Nerven und Gefäße durchtrennt. Dass im Anschluss Störungen der Sensibilität vorkommen können, ist also völlig normal. Die Krustenbildung an den Entnahmestellen, sowie Schwellungen und Schmerzen verschwinden kurze Zeit nach der Haartransplantation wieder.